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La Dirección Sanitaria y de Normatividad Pesquera y Acuícola, es el órgano de línea encargado de diseñar y ejecutar las investigaciones científicas en el ámbito de la competencia del SANIPES; y en su calidad de autoridad técnico-normativa a nivel nacional, es responsable de formular y proponer la normativa sanitaria del sector pesquero y acuícola, y los lineamientos y estrategias sanitarias para el desarrollo de las actividades pesqueras y acuícolas.

La Dirección de Supervisión y Fiscalización Pesquera y Acuícola es el órgano de línea responsable de establecer, conducir y desarrollar las acciones de supervisión y fiscalización en el ámbito pesquero y acuícola para verificar el cumplimiento de la normativa sanitaria aplicable a la inocuidad de los productos pesqueros y acuícolas, productos veterinarios, pre mezclas, aditivos y piensos para uso en la acuicultura y a la sanidad de los recursos hidrobiológicos procedentes de la acuicultura y del medio natural (silvestre).

La Dirección de Habilitaciones y Certificaciones Pesqueras y Acuícolas, es el órgano de línea responsable de evaluar las solicitudes y cumplimiento de requisitos y emitir los documentos habilitantes, los certificados sanitarios y el registro sanitario en el ámbito pesquero y acuícola.

La Dirección de Sanciones, es el órgano de línea encargado de la instrucción y resolución en primera instancia de los procedimientos administrativos sancionadores por incumplimiento de la normativa sanitaria aplicable a las actividades pesqueras y acuícolas.

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